Nato il 14 ottobre 1930 a Lisala, studente presso una scuola cattolica, a 19 anni Joseph Désiré Mobutu entrò nell'esercito e raggiunse il grado di sergente maggiore, il massimo consentito a un nativo. Lasciò l'esercito nel 1956 e divenne giornalista. Grazie al suo lavoro, entrò in contatto con Patrice Lumumba e lo rappresentò ai colloqui per l'autodeterminazione del Congo (1959), poiché il leader nazionalista era carcerato. Dopo l'indipendenza (1960), in seguito all'ammutinamento dell'esercito, ancora guidato da quadri belgi, Mobutu fu promosso capo di stato maggiore dell'Anc (Armée nationale congolaise) e giocò un ruolo chiave nella rivalità tra il presidente Joseph Kasavubu e il primo ministro Lumumba, esonerato dal suo incarico il 5 settembre 1960. Tre settimane dopo, con un colpo di stato appoggiato dagli Usa, diede vita a un governo provvisorio, composto principalmente da studenti universitari e graduati, che rimpiazzarono il Parlamento per sei mesi, fino al febbraio del 1961. Nei quattro anni seguenti, mentre si susseguivano deboli governi civili, il potere reale era in mano al «gruppo di Binza», sostenitori di Mobutu, residenti nell'omonimo quartiere della capitale. Nell'aprile 1965, in un clima di truffe e intimidazioni, si tennero nuove elezioni generali, in cui parteciparono oltre 200 partiti. Il Conaco (Confederazione nazionale delle associazioni congolesi), nuovo partito organizzato da Ciombe, ottenne la maggioranza dei deputati in Parlamento; ma il presidente Kasavubu, convertitosi al nazionalismo, diede l'incarico di formare il governo a Evariste Kimba, del Balubakat (Baluba del Katanga), partito di opposizione all'ex secessionista. Kimba rimase in sella per 39 giorni, senza la fiducia del Parlamento, finché fu sostituito dal colonnello Léonard Mulumba, incaricato di formare un «governo di unità nazionale», con l'eventuale partecipazione di Mulele e Soumiolot. Mobutu dichiarò che non «accettava la collaborazione di assassini» e il 25 novembre fece un altro colpo di stato: depose primo ministro e presidente, prese in mano le redini del potere, si autodefinì «padre della nazione» e cominciò a smantellare la «prima repubblica» e fondare la «seconda». Ridusse le 21 provincette a 8 province, più la regione della capitale; fece una nuova Costituzione in cui il presidente era capo di stato e del governo, comandante in capo delle forze armate e di polizia, ministro degli esteri; aveva il potere di nominare e dimettere i capi dei dipartimenti, i governatori delle province, i giudici dei tribunali, compresi quella della Corte suprema di giustizia.
Aboliti i partiti e ogni attività politica, Mobutu fondò il Movimento popolare della rivoluzione (Mpr), unico partito legale del paese, definito «istituzione suprema della Repubblica», unico veicolo per partecipare alla vita sociale e politica del paese. Il suo ruolo si estendeva automaticamente agli organi amministrativi centrali e provinciali, ai sindacati, movimenti giovanili e studenteschi. Compito del Mpr era pure la diffusione del pensiero «presidente-fondatore» (altro titolo di cui si fregiava il dittatore). Nazionalismo, rivoluzione, autenticità erano i temi fondamentali del «mobutismo». Il nazionalismo, inteso come raggiungimento dell'indipendenza economica, sfociò in un ampio programma di africanizzazione, nazionalizzando le imprese straniere, cominciando da quelle del settore minerario. Per rivoluzione si intendeva ripudio del capitalismo e del comunismo. L'autenticità significava il ritorno alla cultura tradizionale, per cui furono cambiati i nomi delle città di origine belga; lo stesso Congo diventò Zaire. Furono aboliti i nomi cristiani e imposti quelli tradizionali. Lui stesso cambiò Joseph Désiré con «Sese Seko Kuku Ngbendu wa za Banga» che significa «guerriero irresistibile, che andrà di conquista in conquista lasciando il fuoco dietro di sé». Espressione di autenticità divenne l'abacost, uniforme simile a quella di Mao Tsetung, che sostituiva giacca e cravatta della foggia occidentale. L'ambizioso programma di sviluppo lanciato da Mobutu non diede risultati soddisfacenti e rivelò tutte le sue contraddizioni, tanto che nel 1976 il dittatore riammise le imprese straniere. Lo Zaire rimase dipendente dai proventi derivanti dalle esportazioni del rame e il calo del suo prezzo sui mercati internazionali provocò l'aumento vertiginoso del debito estero, che nel 1980 superò i 4 miliardi di dollari. Ogni eventuale opposizione politica e scontento popolare venivano schiacciati con brutali repressioni: 4 personalità chiave della prima repubblica, tra cui l'ex primo ministro Kimba, furono impiccati nella capitale, dopo un processo farsa. Molti leaders politici continuarono a sfidare il regime nelle province del Kivu e Alto Zaire, dove si erano rifugiati. Nuovi tentativi separatisti del Katanga (rinominato Shaba), provocati da ribelli sostenuti dall'Angola, furono definitivamente soffocati nel 1977 e 1978 con l'aiuto della Francia e del Marocco. La corruzione a tutti i livelli e il saccheggio delle ricchezze del paese (per cui il regime di Mobutu venne sarcasticamente definito una «cleptocrazia») aggravarono la crisi economica, che agli inizi degli anni '90 raggiunse il culmine. Il dittatore era considerato tra i più ricchi del mondo, grazie all'avidità con cui depredava le fortune della sua nazione: il suo patrimonio «liquido» era stimato in 4 miliardi di dollari (pari al debito estero del paese), senza contare partecipazioni azionarie e beni immobiliari. Ma con la fine della guerra fredda e il ritiro dell'appoggio sovietico e cubano all'Angola, Mobutu perse molti degli aiuti provenienti dai paesi occidentali, sempre più insofferenti per le tangenti che le società erano costrette a pagare a un regime ultracorrotto. Pressato dall'opposizione interna e dalla diplomazia internazionale, nel 1990 il dittatore annunciò il ripristino delle libertà politiche e nel 1991 legalizzò i partiti di opposizione. Il regime cominciò a perdere pezzi. La «Sacra unione», raggruppamento di 9 partiti, formò un governo ombra e si appellò alle forze armate perché deponessero Mobutu. A chiedere le dimissioni scesero in piazza studenti e sindacati, le masse esasperate dall'inflazione spaventosa (arrivata a 16.000% nel 1992) e dalla svalutazione della moneta, e perfino reparti dell'esercito. La repressione delle proteste causò migliaia di morti in tutto il paese. Per due anni la Conferenza nazionale, convocata per redigere una nuova costituzione, fu sistematicamente osteggiata da Mobutu. Nel gennaio del 1994 la Conferenza nazionale e l'Assemblea nazionale, favorevole a Mobutu, formarono un Parlamento di transizione che fissò una scadenza di 15 mesi, entro cui svolgere un referendum costituzionale e libere elezioni. In giugno Joseph Kengo Wa Dondo fu eletto primo ministro: il governo da lui nominato vedeva una partecipazione paritaria di membri dell'opposizione e membri del partito del presidente. Alla critica situazione interna si era aggiunto, nell'aprile 1994, il conflitto scoppiato nel vicino Rwanda, che due anni dopo coinvolse lo Zaire. Nell'ottobre 1996, un veterano della ribellione «mulelista», Laurent Désiré Kabila, alla guida delle truppe dell'Alleanza delle forze democratiche per la liberazione del Congo, invase le regioni sud occidentali dello Zaire, conquistò la provincia mineraria dello Shaba e continuò la sua avanzata verso la capitale, chiedendo la resa incondizionata di Mobutu.
Sostenuto dalla Francia, Mobutu cercò di salvare il salvabile, proponendo la formazione di un governo allargato a tutte le forze di opposizione, compresi i ribelli di Kabila. Vani furono le mediazioni dell'Onu e del Sudafrica. Oramai l'amministrazione americana aveva scaricato il suo pupillo e appoggiava più o meno apertamente le forze di opposizione. Il 18 maggio 1997 i ribelli conquistarono la capitale Kinshasa, abbandonata pochi giorni prima da Mobutu e da quello che rimaneva del suo esercito. Kabila si autoproclamò presidente del paese, cambiandone il nome in Repubblica democratica del Congo. Mobutu si rifugiò in Marocco, dove morì lo stesso anno.